В ноябре 2017 г. в удовлетворении исковых требований было отказано в полном объеме в связи с пропуском срока исковой давности. Позже это решение подтвердили апелляция и кассация. Суды сочли, что о предстоящей сделке ФАС России была уведомлена в 2011 г., но никаких действий в установленный законом трехлетний срок не предприняла. В 2019 г. Верховный Суд РФ вернул дело на новое рассмотрение в краевой арбитраж.

В ходе повторного процесса представители ФАС России, ссылаясь на письмо ФСБ России, вновь настаивали на том, что порт находится под косвенным контролем Чарльза Батлера. В материалах суда упоминается также опрос бывшего директора порта, который выступил на процессе в качестве свидетеля и подтвердил версию ФАС России о контроле Батлера над стратегическим объектом.

Все семь ответчиков по делу просили отказать в удовлетворении исковых требований. Так, иностранные компании и физлица представили выписки из национальных реестров о том, что они не аффилированы с Чарльзом Батлером и принадлежащими ему структурами. Сделки с акциями они проводили исходя из собственных коммерческих интересов. Представители АО «Порт Пермь» (третье лицо) также повторили доводы о пропуске антимонопольным органом срока исковой давности. Письмо ФСБ России, по мнению порта и ряда ответчиков, не может считаться доказательством, так как не является результатом оперативно-разыскной деятельности. Информацию, которую представил суду бывший директор порта, ответчики также не считают допустимым доказательством. По их данным, он аффилирован бенефициару миноритарных акционеров порта, с которым у ответчиков конфликт.

Ответчики настаивали, что пермский порт уже не является доминирующим хозсубъектом на рынке соответствующих услуг вследствие структурных изменений транспортной инфраструктуры страны, которое привело к снижению роли портов в перевозке грузов. Следовательно, он не является стратегическим объектом.

Суд согласился с доводами ответчиков, что данные, которые приведены в письме ФСБ России, не могут быть признаны доказательствами по делу. В решении указано и на то, что данных об установлении контроля над портом со стороны иностранцев нет и в каждом по отдельности документе, которые представила ФАС России. Вместе с тем суд пришел «к внутреннему убеждению», что об этом свидетельствует совокупность косвенных доказательств, которые подтверждаются опросом бывшего директора порта. Его пояснения, как указано в решении, ответчики не опровергли.

В итоге суд решил признать недействительными ряд сделок, которые совершались с 2011 по 2016 г. В то же время он отказал в удовлетворении требований ФАС России о применении последствий их недействительности и приведении сторон в первоначальное положение.